ศูนย์กลางนวัตกรรมอาหารแห่งมหาวิทยาลัยศิลปากร ถูกจัดตั้งขึ้นเพื่อรับแก้ไขปัญหาให้ผู้ประกอบการทางด้านอาหาร ภายหลังจากที่ท่านอาจารย์ บัณฑิต อินณวงศ์ ได้รับทุนวิจัยในการพัฒนาผลิตภัฑณ์ทางด้านอาหารให้กับผู้ประกอบการจนประสบความสำเร็จในเบืองต้น พบว่า การพัฒนาผู้ประกอบการให้มีศักยภาพแข่งขันตลาดภายในประเทศหรือต่างประเทศนั้น ต้องอาศัยองค์ประกอบหลายด้านนอกเหนือจากนวัตกรรมทางด้านอาหารที่เป็นเอกลักษณ์เพียงอย่างเดียว อาทิเช่น การออกแบบบรรจุภัณฑ์ การทำแบรนด์ การทำการตลาด เป็นต้น จึงมีแนวความคิดของการจัดตังศูนย์นวัตกรรมอาหารแห่งมหาวิทยาลัยศิลปากร โดยการสนับสนุนจากมหาวิทยาลัยศิลปากร และคณะวิศวกรรมศาสตร์ฯ เพื่อให้เป็นศูนย์เพิ่งพาตนเอง (ไม่รับบประมาณสนับสนุนจากรัฐบาลและมหาวิทยาลัย) อิสระจากการเรียนการสอน การวิจัย เพื่อให้การบริหารการจัดการ ด้านองค์ความรู้จะเพาะของผู้ประกอบการ ด้านการรับทุนและงบประมาณสนับสนุนจากหน่วยงานภายนอก และด้านการจัดหานักออกแบบ นักการตลาด ระดับมืออาชีพให้กับผู้ประกอบการ

ในช่วงแรกได้รับทุนสนับสนุนภายนอก เพื่อใช้พัฒนาผลิตภัณฑ์ ศึกษาการตลาดและสร้าบแบรนด์ ให้ผู้ประกอบการไปแล้วกว่า 50 ราย ในปัจจุบันศูนย์ศูนย์ได้คำนึงถึงความยั่งยืนในการพัฒนาด้านอุตสาหกรรมอาหารในสามแนวทาง คือ (1) การพัฒนาผลิตภัณฑ์อาหารให้กับผู้ประกอบการเพื่อให้แข่งขันตลาดภายในประเทศและตลาดโลก (2) การพัฒนาผลิตภัณฑ์เชิงพื้นที่เพื่อให้สามารถผลิต ผลิตภัฑณ์ที่มีคุณภาพและพร้อมจะก้าวไปสู่ธุรกิจอย่างเต็มตัว (3) การบ่มเพาะนักศึกษาหรือผู้ประกอบการรายใหม่ ให้สามารถนำหรือสร้างนวัตกรรมทางด้านอาหารเพื่อใช้ในธุรกิจของตนต่อไป ซึ่งในปี 2567 นี้ทางศูนย์ได้รับการสนับสนุนจากหน่วยงานให้ทุนทั้งของรัฐบาลและเอกชน เพื่อพัฒนาผลิตภัณฑ์ให้ 7 ชุมชน และ 5 บริษัท และยังคงจัดอบรมเพื่อพัฒนาทรัพยากรมนุษย์ รายได้หลังหักค่าใช้จ่ายจะนำไปใช้เพื่อพัฒนานักศึกษาและผู้ประกอบการรายใหม่ต่อไป